大多数情况下都是采取全新风空气净化系统设计，将含有生物危害性的空气排出。该系统需要较大风量的排风装置，且装置除排风换气外还要有高效过滤器（HEPA）把有害的微生物拦截下来，把无害的空气排出去。
新国家标准《实验室生物安全管理要求》(GB19489-2008) 指出，P3实验室设计的送、排风系统必须确保实验室运行时气流由低风险区向高风险区流动，同时实验室的空气只能通过HEPA过滤器过滤后才能排出，因此实验室内操作的高致病性病原微生物随实验操作气溶胶（约0.3μｍ颗粒）化后随定向气流流动，通过HEPA过滤器时被拦截于HEPA过滤器（对0.3μｍ颗粒的过滤效率约99.99％）。由此可见，使用高效空气过滤器(HEPA过滤器)仍是避免生物安全实验室发生生物污染主要手段。
注：P3实验室，工作人员正在处理样本
在P3实验室运行过程中，需定期更换HEPA过滤器。
为了保证HEPA过滤器的前后阻力在可控制范围，保证送、排风系统联动机制的稳定，提高P3实验室系统运行的稳定。《实验室生物安全管理要求》2008版较2004版在通风空调系统方面提出了更加严格的要求，两者比较见表３。
目前，P3实验室空间消毒的方法主要有低温甲醛蒸汽熏蒸消毒 (LTSF)、环氧烷气体消毒 (EOG)、过氧化氢气体消毒 (HPGP)。
对比３种气体消毒方法(表3)可以看出，HPGP优于LTSF及EOG
由于HEPA过滤器有泄漏和表面病原微生物存活增殖的风险,WHO《实验室生物安全手册》(第3版)要求高等级生物安全实验室所有的HEPA过滤器必须按照可以进行气体消毒和检测的方式安装。我国标准GB19489-2008《实验室生物安全通用要求》也规定高等级生物安全实验室应可以在原位对排风HEPA过滤器进行消毒灭菌和检漏。
注：HEPA高效过滤器
生物安全实验室的生物安全柜和房间的HEPA过滤器是病原微生物最集中的地方，由于其结构特殊复杂，一般难以彻底消毒。
HEPA过滤器的原位消毒
目前主流的对HEPA过滤器的消毒方法主要采用气体熏蒸。由于气体“无孔不入”，可同时消毒管道，容易进行消毒效果验证。
对HEPA过滤器原位消毒一般采用气体局部循环消毒法或实验室气体整体循环消毒法。气体局部循环消毒法主要适用于箱式HEPA过滤器单元，如图1所示，
实验室气体整体循环消毒HEPA过滤器的实现方式为：在实验室消毒区域的送风总管和排风总管之间安装一消毒旁路，同时在送、排风管道的关键位置安装生物型密闭阀(消毒区域送风总管、排风总管、消毒旁路等位置)。
实验室气体整体循环消毒时，在实验室消毒区域内通过消毒剂发生器释放气体消毒剂，气体消毒剂在消毒风机的作用下，穿透送、排风HEPA过滤器，在实验室消毒区域内往复循环，从而实现对送、排风HEPA过滤器及通风管道的彻底消毒。
实验室气体整体循环消毒HEPA过滤器的优点在于一次可对消毒区域所有送、排风HEPA过滤器进行原位消毒。
实验室送排风系统HEPA过滤器消毒
1.室外箱式HEPA过滤器单元
该类HEPA过滤器单元一般安装于实验室顶部的设备层或实验室旁的设备间，故可称为室外箱式HEPA过滤器单元。箱式HEPA过滤器单元一般采用气体局部循环消毒法对HEPA过滤器进行原位消毒。
2.室内HEPA过滤器单元
该类设备由于安装在室内，过滤器消毒、检漏和更换需在实验室内进行，为确保安全．过滤器检漏和更换必须在原位对HEPA过滤器可靠消毒后进行。
HEPA过滤器结构对消毒效果的保证与验证
HEPA过滤器的结构、材料应保证对其进行原位消毒的效果，并可验证。在消毒剂通过HEPA过滤器的下游设置消毒效果检测口，在检测点的布置、使用的指示微生物、评价方法等是公认的方法。
目前，国内外主要应用的气体消毒剂有甲醛、气体二氧化氯和气化过氧化氢。
甲醛消毒效果好，经济性好，缺点是毒性大、不环保、需要中和、消毒程序相对复杂、有残留物。
二氧化氯消毒效果虽好，但由于一般设备制备的气体二氧化氯中往往含有酸性气体，对实验室及仪器设备腐蚀较大，也限制了该方法的使用。
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